הכלים מאורגנים בארבע קטגוריות: אפיון מדויק של הבעיה וגבולותיה; אפיון המערכת לשם הבנת הבעיה; צלילת עומק להבנת סוגיות ספציפיות במערכת, בכפוף לסוג הבעיה; ולבסוף כלים תומכים לבחירת ההתערבויות בעלות ההשפעה הגדולה ביותר על המערכת. חלוקה זו מסייעת להבין את מסע השינוי המערכתי ואת השלב שבו אנו נמצאים במסע – האם בשלב ההגדרה ותיחום הבעיה? או שהבעיה הובנה לעומקה ועתה יש לפענח את שדה הפתרונות – לזהות מה כבר נוסה ולא קידם מספיק את יצירת השינוי, והיכן נמצאים הפערים המזמינים התערבות?
דיוק הבעיה וגבולותיה
אפיון המערכת
צלילת עומק
השפעה על מערכות
הכלים והמודלים בפרק זה יוצגו לפי ארבע הקטגוריות הללו, במבנה קבוע: פירוט קצר על הכלי, על התועלות הצפויות מהשימוש בו ועל אופן היישום שלו, ולבסוף טיפים לשימוש וקישורים להרחבה ולקריאה נוספת.
חלק מהכלים והמודלים הם תיאורטיים ומבטאים תפיסה או "משקפיים" שיש להרכיב בעת התבוננות במציאות, ואחרים מפרטים מתודולוגיה ברורה ויישומית. בעת חקירת בעיה מערכתית מומלץ לשלב בין כלים ומודלים שונים ולבחור את אלו שישרתו בצורה מיטבית את המהלך שלכם.